組織架構
◆本會設董事會為最高管理組織。
◆董事會每3年改選，由7至21名董事組成。董事互選一人為董事長，綜理會務，對外代表本會。
董事互選4或6人為常務董事，與董事長共5或7人組成常務董事會，董事會停開期間，由常務董事會行使董事會職權。
◆董事會每年至少召開2次會議，以執行重大事務之決策，董事會停開期間，由常務董事會行使董事會職權。
古都基金會第12屆董事
| 第12屆 | 姓名 | 現職 | 過往擔任屆數 |
| 董事長 | 鍾心怡 | 鍾心怡建築師事務所 主持人 | 董事長-第11、12屆/ 常務董事-第7、10屆/ 董事-第8屆 |
| 常務董事 | 吳秉聲 | 國立成功大學建築學系 教授 / 助理副校長兼任博物館館長 | 常務董事-第11、12屆/ 董事-第7、8、9屆 |
| 常務董事 | 張玉璜 | 張玉璜建築師事務所 主持人 | 董事長-第9、10屆/ 常務董事-第6、7、8、11、12屆 |
| 常務董事 | 許志諭 | 慶洋營造有限公司 董事長 | 常務董事-第4、8、9、11、12屆/ 董事-第1、2、5、6、10屆 |
| 常務董事 | 傅朝卿 | 國立成功大學建築學系 名譽教授 | 常務董事-第9、10、11、12屆/ 董事-第1、4、5、6、7、8屆 |
| 常務董事 | 葉東泰 | 奉茶茶坊/十八卯茶屋 負責人 | 常務董事-第4、6、7、8、9、10、11、12屆/ 董事-第5屆 |
| 常務董事 | 榮芳杰 | 國立清華大學環境與文化資源學系 副教授 | 常務董事-第11、12屆/ 董事-第9、10屆 |
| 董事 | 吳玉成 | 國立成功大學建築學系 副教授 | 董事長-第6、7屆/ 常務董事-第6、7、8屆/ 董事-第3、4、10、11、12屆 |
| 董事 | 許勝發 | 國立臺北藝術大學建築與文化資產研究所 專任助理教授 | 董事-第10、11、12屆 |
| 董事 | 陳信安 | 嘉南藥理科技大學觀光事業管理系 助理教授 | 董事-第6、7、11、12屆 |
| 董事 | 曾逸仁 | 國立金門大學建築系 副教授 | 董事-第9、10、11、12屆 |
| 董事 | 黃恩宇 | 國立成功大學建築系 副教授 | 董事-第9、10、11、12屆 |
| 董事 | 詹翹 | 文史工作者 | 董事-第2、3、10、11、12屆 |
| 董事 | 汪裕成 | 群甡聯合建築師事務所 主持建築師 | 董事-第10、12屆 |
| 董事 | 蔡侑樺 | 國立成功大學博物館 副研究員 | 董事-第12屆 |
| 董事 | 李香蓮 | 國立臺南大學視覺藝術與設計學系 副教授兼系主任 | 董事-第12屆 |
| 董事 | 嚴婉玲 | 稚葉社創股份有限公司 創辦人/台南新芽協會理事 | 董事-第12屆 |
古都基金會歷屆董事會成員
| 第一屆 | 第二屆 | 第三屆 | 第四屆 |
| 孔憲法 | 孔憲法 | 孔憲法 | 孔憲法 |
| 王宗仲 | 王惠君 | 吳玉成 | 吳玉成 |
| 林冠州 | 吳培暉 | 李德河 | 李德河 |
| 林瑞明 | 李德河 | 林冠州 | 林瑞明 |
| 邱振銘 | 林冠州 | 林瑞明 | 洪萬隆 |
| 徐明福 | 林瑞明 | 徐明福 | 徐明福 |
| 張國章 | 徐明福 | 許舜欽 | 張博碩 |
| 許志諭 | 涂永清 | 陳世明 | 許志諭 |
| 郭瑞坤 | 許志諭 | 陳思敬 | 陸定邦 |
| 陳崇益 | 郭中端 | 陳梅卿 | 傅朝卿 |
| 傅朝卿 | 郭瑞坤 | 曾永信 | 曾永信 |
| 曾永信 | 陳世明 | 曾國恩 | 曾國恩 |
| 曾國恩 | 陳崇益 | 黃 斌 | 黃 斌 |
| 楊仁江 | 曾永信 | 楊仁江 | 葉東泰 |
| 盧建銘 | 曾國恩 | 詹翹 | 詹秀芬 |
| 賴悅顏 | 黃志瑞 | 賴福林 | |
| 羅正方 | 楊仁江 | 蘇建成 | |
| 詹翹 | |||
| 趙家麟 | |||
| 賴福林 | |||
| 羅正方 | |||
| 第五屆 | 第六屆 | 第七屆 | 第八屆 |
| 吳玉成 | 吳玉成 | 孔憲法 | 江文義 |
| 林冠州 | 李德河 | 吳玉成 | 吳玉成 |
| 林瑞明 | 林瑞明 | 吳秉聲 | 吳秉聲 |
| 徐明福 | 張玉璜 | 李德河 | 吳貞漪 |
| 許志諭 | 許志諭 | 林瑞明 | 林珍玫 |
| 郭美芳 | 郭美芳 | 邱仲銘 | 林瑞明 |
| 陳勁甫 | 陳信安 | 張玉璜 | 林經堯 |
| 陸定邦 | 陸定邦 | 陳信安 | 林蕙玟 |
| 傅朝卿 | 傅朝卿 | 陸定邦 | 邱仲銘 |
| 曾永信 | 曾永信 | 傅朝卿 | 凃淵順 |
| 曾國恩 | 黃志瑞 | 曾永信 | 張玉璜 |
| 黃 斌 | 楊美英 | 黃志瑞 | 許志諭 |
| 楊美英 | 楊博淵 | 葉東泰 | 許雪謹 |
| 楊博淵 | 葉東泰 | 鍾心怡 | 郭美芳 |
| 葉東泰 | 賴福林 | 蘇建成 | 傅朝卿 |
| 曾永信 | |||
| 曾凱儀 | |||
| 童大真 | |||
| 葉東泰 | |||
| 蔡明財 | |||
| 鍾心怡 | |||
| 第九屆 | 第十屆 | 第十一屆 | |
| 江文義 | 吳玉成 | 吳玉成 | |
| 何培夫 | 吳光庭 | 吳秉聲 | |
| 吳玉成 | 汪裕成 | 沈孟穎 | |
| 吳光庭 | 沈孟穎 | 林蕙玟 | |
| 吳秉聲 | 周馥儀 | 柯俊成 | |
| 林瑞明 | 林蕙玟 | 張玉璜 | |
| 林蕙玟 | 張玉璜 | 許志諭 | |
| 凃淵順 | 張學聖 | 許勝發 | |
| 柯俊成 | 許志諭 | 郭美芳 | |
| 張玉璜 | 許勝發 | 陳信安 | |
| 莊珺菻 | 郭美芳 | 傅朝卿 | |
| 許志諭 | 傅朝卿 | 曾逸仁 | |
| 郭美芳 | 曾永信 | 黃恩宇 | |
| 傅朝卿 | 曾逸仁 | 葉東泰 | |
| 曾永信 | 黃恩宇 | 詹翹 | |
| 曾逸仁 | 葉東泰 | 榮芳杰 | |
| 黃恩宇 | 詹翹 | 鍾心怡 | |
| 葉東泰 | 榮芳杰 | ||
| 榮芳杰 | 鍾心怡 | ||